Windowsキー+Rでファイル名を指定して実行を開きます。「regedit」を入力します。
ユーザーアカウント制御が出てきますが、「はい」を押します。
レジストリエディターが開きました。赤枠の部分に以下を入力します。
コンピューター\HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU
これが「ファイル名を指定して実行」の履歴です。
右クリックから「削除」をクリックして履歴を消すことができます。
警告が出てきたら「はい」を押してください。